工藤新一京都新撰组杀人事件

在调查一件与古代刀剑有关的案件时，工藤新一被神秘力量带到了明治维新时代的京都。他遇见了正在追捕神秘连环杀手的天然理心流天才剑士冲田总司。死者均为新撰组内部人员，死状离奇，现场留有诡异的时代错位物品。新一利用现代法医学知识和推理能力，协助总司进行调查。他们发现凶手似乎对组内成员有着深切的仇恨，并且手法借鉴了未来的犯罪技术。在弥漫着肃杀之气的京都，两人必须与时间赛跑，在历史洪流中找出真凶，同时新一也要寻找回到现代的方法。